Масштабная модернизация клиникой диагностической лаборатории началась в СЦРКБ. Для оснащения лаборатории приобретается новейшее оборудование, которое позволит выполнять ряд исследований на современном уровне. На базе стационара уже появились два гематологических анализатора, которые позволяют быстро и качественно выполнять клинический анализ крови. В ближайшем будущем появятся биохимический анализатор, который улучшит диагностику исследований и позволит более точно проводить мониторинг лечения, а также иммуно-химический анализатор, с помощью которого возможно будет качественно исследовать гормональный статус и онкомаркеры.
Ежедневно клиническая лаборатория СЦРКБ выполняет около 2000 различных анализов. Также с 1995 года она принимает участие в системе внешнего контроля качества лабораторных исследований Министерства здравоохранения Российской федерации.